Gereja Setan didirikan di San Fransisco, California, pada malam Walpurgis 30 April 1966 oleh Anton Szandor LaVey. Anton LaVey menjadi Pendeta Tinggi gereja ini sampai kematiannya pada tahun 1997.
Pada tahun 1950-an, Anton LaVey membentuk sebuah kelompok yang dinamakan The Order of the Trapezoid, yang kemudian berubah menjadi badan pengurus Gereja Setan. Orang-orang yang terlibat dalam aktivitas LaVey meliputi Carin de Plessen (yang tumbuh di Istana Kerajaan Denmark), Dr. Cecil Nixon (ahli sulap, eksentris, and penemu automaton), sutradara Kenneth Anger, Asesor kota Russell Wolden, Donald Werby, antropolog Michael Harner, dan penulis Shana Alexander. Kolega LaVey lainnya pada saat itu meliputi penulis fiksi horor dan fiksi ilmiah Anthony Boucher, August Derleth, Robert Barbour Johnson, Reginald Bretnor, Emil Petaja, Stuart Palmer, Clark Ashton Smith, Forrest J. Ackerman, dan Fritz Leiber Jr.
Pada tahun pertama pembentukannya, Anton LaVey dan Gereja Setan mendapatkan perhatian media yang besar dengan secara publik melakukan upacara pernikahan Setan antara Judith Case dengan wartawan radikal John Raymond. Upacara pernikahan ini difoto oleh Joe Rosenthal, yang terkenal oleh fotonya Raising the Flag on Iwo Jima selama Perang Dunia II. Acara lainnya yang juga menarik perhatian adalah upacara pemakaman anggota Gereja Setan, Edward Olson yang juga merupakan perwira Angkatan Laut oleh permintaan istrinya.
Gereja Setan disebut-sebut dalam banyak buka dan merupakan topik artikel majalah dan surat kabar semasa tahun 1960-an dan 1970-an. Ia juga merupakan subjek utama film dokumenter Satanis (1970). LaVey juga muncul dalam film Kenneth Anger, Invocation of my Demon Brother, dan berperan sebagai penasehat teknis dalam film The Devil's Rain (dibintangi oleh Ernest Borgnine, William Shatner, dan John Travolta).
Pada tahun 1975, LaVey menciptakan kontroversi dalam Gereja Setan itu sendiri dengan menghilangkan sistem "Grotto" Gereja dan mengeluarkan orang-orang yang dia anggap menggunakan Gereja ini sebagai prestasi di dunia luar. Pada saat yang sama, LaVey menjadi lebih selektif dalam menerima wawancara. Aktivitas yang "tertutup" ini kemudian menyebabkan rumor bahwa Gereja ini telah tutup atau LaVey telah mati.
Pada tahun 1980-an, umat Kristen, para ahli terapi yang terspesialisasi dalam pemulihan ingatan, dan media massa mengungkit-ungkit kembali konspirasi kejahatan yang berhubungan dengan Gereja Setan. Anggota-anggota Gereja Setan seperti Peter H. Gilmore, Peggy Nadramia, Boyd Rice, Adam Parfrey, Diabolos Rex, dan King Diamond, aktif dalam media massa untuk membantah tuduhan atas aktivitas kriminal tersebut. FBI kemudian mengeluarkan laporan resmi yang membantah teori konspirasi kriminal itu. Fenomena ini kemudian dikenal sebagai “The Satanic Panic”.
Pada tahun 1980-an dan 1990-an, Gereja Setan dan para anggotanya sangat aktif dalam memproduksi film-film, musik, dan majalah-majalah yang berhubungan dengan Setanisme.
Setelah kematian Anton Szandor LaVey, posisinya sebagai kepala Gereja Setan diteruskan oleh istrinya, Blanche Barton. Barton tetap terlibat dalam aktivitas Gereja ini; namun pada tahun 2001 ia menyerahkan posisinya kepada Peter H. Gilmore dan Peggy Nadramia. Kantor pusat Gereja Setan juga dipindahkan dari San Fransisco ke New York City. Gereja Setan tidak mengakui organisasi-organisasi lainnya sebagai pemegang sah setanisme, namun mengakui bahwa seseorang tidaklah harus menjadi anggota Gereja Setan untuk menjadi seorang Satanis.
Banyak figur-figur publik yang secara publik menjadi anggota Gereja Setan, meliputi Kenneth Anger, King Diamond, Teresa Hidy, David Vincent, Marilyn Manson, Aaron Joehlin, Boyd Rice, Marc Almond, gitaris Alkaline Trio Matt Skiba dan drummer Derek Grant, pegulat profesional Balls Mahoney, Sterling James Keenan, jurnalis Michael Moynihan, pianis Liberace, gitaris Matthew McRaith, dan Sammy Davis Jr.[2] Oleh karena Gereja Setan tidak pernah membeberkan informasi keanggotaannya secara publik, tidak diketahui berapa banyak anggota Gereja ini.
Pada Oktober 2004, Angkatan Laut Britania Raya secara resmi mengakui pendaftaran anggota angkatannya sebagai seorang Satanis.
